در توضیحات ارائه شده از سوی شرکت ساخت و توسعه زیربناهای حمل و نقل کشور به سایت خبری تحلیلی تابناک آمده است: شرکت ساخت و توسعه زیربناهای حمل و نقل کشور مجری ساخت پروژه‌های وزارت راه است و با تکمیل 95 درصدی پروژه‌ها، آن را در اختیار بهره‌بردار قرار می‌دهد تا همزمان با بهره‌برداری، فرایندهای مربوط به تست پروژه‌ها انجام شود و سرانجام پروژه به بهره‌برداری کامل برسد. این روش بهره‌برداری علمی و کارشناسی در همه جای دنیا معمول است و حتی نمونه آن را می‌توان در خطوط متروی تهران مشاهده کرد. راه آهن اصفهان شیراز نیز از این موضوع مستثنی نیست و در حال حاضر این خط آهن در فاصله میان بهره‌برداری و افتتاح کامل قرار دارد. به همین دلیل است که قطارهایی که در این مسیر حرکت می‌کنند با سرعت کمتری نسبت به سایر قطارهای کشور حرکت می‌کنند و با نهایی شدن پروژه و انجام تست‌های مربوطه، سرعت قطارها در این مسیر به 160 کیلومتر بر ساعت می‌رسد. با این حال سایت خبری تحلیلی تابناک مدعی شده است که "در این مسیر، تنها یک قطار آن هم زمان افتتاح حرکت کرده و بنا بر شواهد و اسناد، دیگر هیچ قطاری در این خط راه‌آهن مسافری جابه‌جا نکرده" و در جایی دیگر آورده که "جز در مراسم افتتاحیه حتی یک مسافر از آن عبور نکرده" در حالی که تاکنون 13 هزار نفر از این خط آهن استفاده کرده‌اند و نظرات خوانندگان مطلب فوق در سایت تابناک نیز گواه آن است که مسافران از راه آهن اصفهان شیراز استفاده می‌کنند. البته خبرنگار محترم تابناک به برنامه حرکت قطارها در پاییز و زمستان استناد کرده که چون نام قطار اصفهان شیراز در برنامه نیست، قطاری در این مسیر حرکت نمی‌کند اما از آنجا که راه‌آهن اصفهان شیراز در فاصله میان بهره‌برداری و افتتاح قرار دارد و ممکن است برنامه حرکت قطارها با تغییراتی مواجه شود، از درج برنامه حرکت در این مسیر خودداری شده تا اگر برنامه حرکت قطارها تغییر کرد مسافران با مشکلی روبرو نشوند. با این حال انتظار می‌رود که رسانه‌های کشور با ارائه اطلاعاتی دقیق و نقدی منصفانه، در راستای رسالت اصلی خود که طرح مطالبات مردم و انعکاس خدمات انجام شده از سوی مسئولان است، گام بردارند و تلاش‌های فراوانی که برای احداث راه‌آهن 500 کیلومتری اصفهان شیراز انجام شده را کتمان نکنند.